細菌的形態(tài)，染色以及細菌的特殊結構是最早和最基本的分類依據；而細菌的生理生化特征一直作為分類的主要依據。

目前，以生理生化學作細菌分類的廣泛采用方法有兩種，即傳統(tǒng)分類法和數(shù)值分類法。

1.傳統(tǒng)分類法：傳統(tǒng)分類的原則是將生物的基本性質分為主要的和次要的（主次原則），然后將主次順序一級一級地往下分，直至最小區(qū)分。按細胞形態(tài)、革蘭染色性、鞭毛及代謝特點作為較高一級分類依據?？啤?、種水平的分類主要依靠生化特性和抗原結構。

2.數(shù)值分類法：數(shù)值分類法集數(shù)字、電子、信息及自動化分析技術于一體，醫(yī)學教育|網搜集將細菌的一些基本性質視為同等重要（等重要原則），采用標準化、成品化和配套生化反應試劑條，檢測細菌的數(shù)十個生理生化特性。每個細菌都能產生一套陰陽性結果，然后轉換成數(shù)字，通過電子計算機進行復雜計算，比較每一株與其他類同株，測定其相似度。根據相似度，區(qū)分細菌的種群，并確定各種細菌的親緣關系。