日本小檗春日黃花簇簇，秋日紅果滿枝。宜從植草坪、池畔、巖石旁、墻隔、樹下，可觀果、觀花、觀葉，亦可栽作刺籬。紫葉小檗可盆栽觀賞，是植花籬、點綴山石的好材料。果枝可插瓶，根、莖入藥。

城市庭園中常栽植供綠化或作綠籬。 根和莖葉供藥用，能清熱燥濕，瀉火解毒，民間用其枝葉煎水洗治眼病，內服可治結膜炎；根皮作苦味健胃藥；根和莖內含小檗堿，可供提取黃連素的原料；剝取莖皮，除外皮后，可作黃色染料。根、莖的木質部含小檗堿、氧化爵床堿、藥根堿、木蘭花堿等多種生物堿。