麝香鼠的性別比較難以識別，性征不明顯，以下幾種方式識別個公母，具重要意義：

1、從肛門至尿生殖孔之間的距離來識別：這一間距不論成鼠還是幼鼠都是公鼠大于母鼠1/3左右，一般成年公鼠為1.8—2.5厘米，而母鼠為1.3—1.8厘米；體重在600克以內的幼鼠公鼠為1.58—1.77厘米，母鼠為1.06—1.37厘米。

2、從會陰部被毛的分布來識別：公鼠的肛門至尿生殖孔間的被毛致密，全覆蓋著皮膚，腹股溝兩側生有棕褐色的針毛，并形成一條縱線，而母鼠這一區(qū)域的被毛則稀疏且向兩側分開，無棕褐色針毛，此間由于少毛，可明顯的看見皮膚，尤其靠近尿道隆起的后方，有一小塊無毛區(qū)，皮膚裸露。

3、翻尿生殖孔識別：用拇指和食指按壓麝香鼠的尿生殖孔的兩側，使其外翻，若露出紫紅色略帶黑色的圓形龜頭，則為公鼠，否則為母。

4、排尿方向識別：麝香鼠受到驚嚇時一般都會排尿，人抓拿的時候也不例外，公鼠多向頭部方向排尿，而母鼠則向后臀部方向排尿；公鼠排尿后在尿生殖孔處淤留有乳白色有濃味的分泌物，而母鼠僅有水樣黃褐色尿液在尿道口上。

5、活動和性情上識別：公鼠的性情好動，粗暴，咬人，一般遇到響動，公鼠會先從窩里跑出來。繁殖產仔期間，出來搬食物的一般是公鼠。

6、體重上來識別：成年鼠個體一般是公鼠大于母鼠。