北京藥師協(xié)會是服務(wù)于執(zhí)業(yè)藥師的非盈利性團體，從辦會以來就有自己的北京藥師協(xié)會宗旨。全體工作人員也以北京藥師協(xié)會宗旨為工作具體準(zhǔn)則。北京藥師協(xié)會宗旨以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和"三個代表"的重要思想為指導(dǎo)，全面落實科學(xué)發(fā)展觀，堅持科學(xué)技術(shù)是第一生產(chǎn)力的思想，發(fā)揚行業(yè)指導(dǎo)，服務(wù)自律，協(xié)調(diào)監(jiān)督作用，團結(jié)和組織廣大執(zhí)業(yè)藥師（從業(yè)藥師），實施科教興國和可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略，促進藥學(xué)科學(xué)技術(shù)的繁榮與發(fā)展、普及與提高，促進藥學(xué)人才的成長，促進藥學(xué)科學(xué)技術(shù)與經(jīng)濟的結(jié)合，保證藥品質(zhì)量和藥學(xué)服務(wù)質(zhì)量，代表和維護執(zhí)業(yè)藥師的合法權(quán)益，為發(fā)展藥學(xué)科學(xué)，實現(xiàn)最廣大人民群眾的根本利益服務(wù)。