根與根莖在顯微結(jié)構(gòu)上存在諸多區(qū)別，這些區(qū)別對于準(zhǔn)確鑒別中藥材具有重要意義。

從組織排列來看，根一般沒有髓部（除了一些雙子葉植物的根異常構(gòu)造中有髓），其初生構(gòu)造由表皮、皮層和維管柱組成，維管柱包括初生木質(zhì)部和初生韌皮部，二者相間排列，呈輻射狀。而根莖通常有明顯的髓部，其維管束類型多樣，雙子葉植物根莖的維管束多為無限外韌型，呈環(huán)狀排列；單子葉植物根莖的維管束則多為有限外韌型或周木型，散在分布。

從細(xì)胞特征來講，根的表皮細(xì)胞多為一層，具有吸收功能，外壁常無角質(zhì)化，有的還形成根毛。根莖的表皮細(xì)胞則常角質(zhì)化，以起到保護(hù)作用。根的皮層較為發(fā)達(dá)，有外皮層、皮層薄壁組織和內(nèi)皮層之分，內(nèi)皮層細(xì)胞具有凱氏帶或凱氏點(diǎn)，這是根的重要鑒別特征。根莖的皮層相對較薄，內(nèi)皮層大多不明顯。

在維管組織方面，根的初生木質(zhì)部的分化是外始式，即從外向內(nèi)逐漸成熟；而根莖的初生木質(zhì)部的分化則是內(nèi)始式，從內(nèi)向外成熟。根的次生構(gòu)造中，維管形成層活動產(chǎn)生次生木質(zhì)部和次生韌皮部，木栓形成層則產(chǎn)生周皮。根莖的次生構(gòu)造中，維管形成層和木栓形成層的活動與根類似，但有些根莖還會有額外的維管束等特殊構(gòu)造。

此外，根和根莖在分泌組織、厚壁組織等方面也可能存在差異。例如，根中可能有乳汁管等分泌組織，而根莖中可能有石細(xì)胞等厚壁組織更為常見。通過對這些顯微特征的觀察和分析，可以準(zhǔn)確地區(qū)分根和根莖類中藥材，為中藥材的鑒定和質(zhì)量控制提供科學(xué)依據(jù)。