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1.雙子葉植物根莖

一般均具次生構造，與地上莖相似。外表常有木栓層，少數(shù)有表皮或鱗葉。皮層中有根跡維管束或葉跡維管束，皮層內側有時具纖維或石細胞，內皮層多不明顯。維管束為外韌形，成環(huán)狀排列，束間為髓射線。有的中柱外方部位具厚壁組織，如初生韌皮纖維和石細胞群（或稱中柱鞘纖維），常排成不連續(xù)的環(huán)。中央有髓部。根莖橫切面常見分泌組織存在，如蒼術有油室；草酸鈣結晶及厚壁組織也常存在，有的含有菊糖而無淀粉粒。

雙子葉植物根莖還可形成異常構造，常見的有下列幾種類型：①髓維管束，位于根莖髓部的維管束，如大黃。②內生韌皮部，是位于木質部里端的韌皮部，有的與木質部里端密切接觸，構成正常的雙韌型維管束；有的在髓部的周圍形成韌皮部束。③木內木栓，在次生木質部內形成木栓環(huán)帶，如甘松，木內木栓環(huán)把維管柱分隔成數(shù)個束。

2.單子葉植物根莖

一般均具初生構造。外表通常為一列表皮細胞，少數(shù)根莖為后生皮層，如藜蘆；有的皮層外側細胞形成木栓組織，如生姜。皮層寬廣，常有葉跡維管束散在；內皮層大多明顯，常具凱氏帶。中柱中有多數(shù)維管束散布，維管束多為有限外韌型，也有周木型。髓部不明顯。根莖橫切面常見分泌組織和草酸鈣針晶或針晶束存在。

鱗莖的鱗葉橫切面構造與單子葉植物的葉大體相似，表皮一般有氣孔。

3.蕨類植物根莖

外表通常為一列表皮，表皮下面有下皮層，為數(shù)列厚壁細胞，內部為薄壁細胞組成的基本組織。一般具網(wǎng)狀中柱，橫切面觀可見斷續(xù)環(huán)狀排列的周韌型分體中柱，其外圍有內皮層。分體中柱的形狀、數(shù)目和排列方式是鑒定品種的重要依據(jù)。在環(huán)列的分體中柱的外方，有葉跡維管束。有的根莖具雙韌管狀中柱。木質部排成環(huán)圈，其內外兩側均有韌皮部及內皮層環(huán)，中央有髓部，如狗脊。蕨類植物根莖的木質部一般無導管而有管胞，管胞大多為梯紋。在基本組織的細胞間隙中，有的具間隙腺毛，如綿馬貫眾。

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