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藥物在和生物大分子作用時，一般是通過鍵合的形式進行結合，這種鍵合形式有共價鍵和非共價鍵兩大類。
(1)共價鍵鍵合類型
共價鍵鍵合類型是一種不可逆的結合形式，和發(fā)生的有機合成反應相類似。共價鍵鍵合類型多發(fā)生在化學治療藥物的作用機制上，例如烷化劑類抗腫瘤藥物，對DNA中鳥嘌呤堿基產生共價結合鍵，產生細胞毒活性。
(2)非共價鍵鍵合類型
| 鍵合類型 | 代表基團 | 代表藥物 |
| 范德華力 | 范德華引力來自于分子間暫時偶極產生的相互吸引 | 局部麻醉藥普魯卡因與受體的作用。 |
| 氫鍵 | O、N、S、C等原子，如：羰基、羥基、巰基、氨基，甚至有些還是帶有電荷的基團。 | 碳酸、磺酰胺和碳酸酐酶結合。 水楊酸甲酯形成分子內氫鍵 |
| 疏水鍵 | 藥物結構中非極性鏈部分和生物大分子中非極性鏈部分相互作用 | |
| 電荷轉移復合物 | 富p電子的烯烴、炔烴或芳環(huán)，或含有弱酸性質子的化合物 | 抗瘧藥氯喹 |
| 離子-偶極和偶極-偶極相互作用 | 如碳原子和N、O、S、鹵素等成鍵 | 乙酰膽堿和受體的作用 |
氫鍵是有機化學中最常見的一種非共價作用形式，也是藥物和生物大分子作用的最基本化學鍵合形式。范德華引力是非共價鍵鍵合方式中最弱的一種。
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