復旦大學藥學院創(chuàng)建于1936年，是我國辦學歷史悠久、學科齊全、師資力量雄厚的著名藥學院校之一。創(chuàng)立初期名為國立上海醫(yī)學院藥學專修科，繼后分別更名為國立上海醫(yī)學院藥科、國立上海醫(yī)學院藥學院、上海第一醫(yī)學院藥學系、上海醫(yī)科大學藥學院。2000年4月，原上海醫(yī)科大學與復旦大學合并，遂定名為復旦大學藥學院。復旦大學藥學院為國家首批博士學位授予單位并在1998年獲得藥學一級學科博士學位授予權，1999年建立藥學一級學科博士后流動站，2002年與生命科學學院聯(lián)合設立了國家生命科學與技術人才培養(yǎng)基地—生物醫(yī)藥點，2007年藥劑學科被遴選為國家重點學科，藥理學科被遴選為上海市重點學科。目前是全國高等醫(yī)學教育學會藥學教育研究分會副理事長單位。

藥學院作為復旦大學藥學學科的主體，學校給予了重點建設。在“985”一、二、三期和“211”三期建設中，藥學院在科研支撐條件、人才和整體科研實力方面均有顯著提高醫(yī)學教育網(wǎng)編輯整|理。