鰓囊腫和瘺管的內(nèi)層為復(fù)層鱗狀上皮細(xì)胞，其中可見毛囊、皮質(zhì)腺和汗腺，部分囊腫和瘺管的內(nèi)層為柱狀或細(xì)毛狀上皮細(xì)胞，與呼吸道上皮相同。囊內(nèi)容物的性質(zhì)根據(jù)各種內(nèi)層上皮細(xì)胞而不同，內(nèi)層細(xì)胞如為鱗狀上皮細(xì)胞，則囊內(nèi)容物為渾濁的水樣或乳狀液體；如為柱狀上皮細(xì)胞，則內(nèi)容為黏稠的液體。發(fā)生感染時，內(nèi)容物就變成膿性，液體中多含有大量的膽固醇。