1．下尿路感染：若顯示尿蛋白、爭微球蛋白等增高，尿沉渣抗體包裹細(xì)菌陽性，白細(xì)胞管型以及腎形態(tài)和功能異常，均有助于慢性腎盂腎炎的診斷。

2．腎結(jié)核：腎結(jié)核患者多有腎外結(jié)核病史或病灶存在，肉眼血尿多見，膀胱刺激癥狀顯著而持久。尿沉渣涂片可找到抗酸桿菌，尿細(xì)菌普通培養(yǎng)呈陰性。必要時作靜脈腎盂造影，如發(fā)現(xiàn)腎實質(zhì)蟲蝕樣空洞形成則對診斷腎結(jié)核有幫助。

3．慢性腎小球腎炎：在無明顯水腫、蛋白尿、高血壓時，其臨床表現(xiàn)與全身感染癥狀和尿路刺激癥狀不明顯的不典型慢性腎盂腎炎相似，尤其當(dāng)慢性腎小球腎炎患者并發(fā)尿路感染，或晚期兩者均出現(xiàn)慢性腎功能減退時，鑒別更難。一般認(rèn)為病史中有全身水腫；尿中有以中分子以上蛋白為主、含量較多的蛋白及管型，白細(xì)胞少；先有腎小球濾過功能受損，且重于腎小管功能受損；以及腎X線檢查顯示兩腎對稱性縮小，外形光整，無腎盂腎盞變形等支持慢性腎小球腎炎。而病程中腎和尿路刺激癥狀明顯；尿常規(guī)以白細(xì)胞為主，有以小分子為主的少量蛋白尿；中段尿細(xì)菌培養(yǎng)為陽性；腎小管功能損害早于和重于腎小球功能損害，以及腎x線檢查兩腎大小不等，外形不平，腎孟腎盞變形等，則支持慢性腎盂腎炎。