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早期自然流產最常見的原因是遺傳基因缺陷。

早期自然流產時，染色體異常的胚胎占50%- 60%，多為染色體數(shù)目異常，其次為染色體結構異常。數(shù)目異常有三體、三倍體及X單體等；結構異常有染色體斷裂、倒置、缺失和易位。染色體異常的胚胎多數(shù)結局為流產，極少數(shù)可能繼續(xù)發(fā)育成胎兒，但出生后也會發(fā)生某些功能異?；蚝喜⒒?。若已流產，妊娠產物有時僅為一空孕囊或已退化的胚胎。