細(xì)菌的特殊結(jié)構(gòu)主要包括莢膜、鞭毛、菌毛和芽孢，它們各自具有獨(dú)特的功能。

莢膜是某些細(xì)菌在細(xì)胞壁外包繞的一層黏液性物質(zhì)。它具有抗吞噬作用，這是細(xì)菌毒力的重要因素之一，比如肺炎鏈球菌憑借莢膜抵抗吞噬細(xì)胞的吞噬和消化，得以在宿主體內(nèi)大量繁殖并致病。莢膜還能黏附作用，可使細(xì)菌彼此之間粘連，也可黏附于組織細(xì)胞或無生命物體表面，形成生物膜，有利于細(xì)菌在體內(nèi)定居和繁殖。此外，莢膜還具有抗干燥等保護(hù)作用，能保護(hù)細(xì)菌免受環(huán)境中有害物質(zhì)的損傷。

鞭毛是細(xì)菌的運(yùn)動器官，有鞭毛的細(xì)菌能在液體環(huán)境中自由運(yùn)動。細(xì)菌的運(yùn)動具有趨化性，可向營養(yǎng)物質(zhì)處前進(jìn)，而逃離有害物質(zhì)。不同細(xì)菌的鞭毛數(shù)量、位置和排列不同，可作為細(xì)菌鑒定和分類的重要依據(jù)。

菌毛分為普通菌毛和性菌毛。普通菌毛遍布菌細(xì)胞表面，細(xì)菌借助普通菌毛黏附在多種細(xì)胞表面，包括呼吸道、消化道和泌尿生殖道等黏膜上皮細(xì)胞，進(jìn)而在局部定植，這是細(xì)菌感染的第一步。性菌毛比普通菌毛長而粗，數(shù)量少，僅1 - 4根。帶有性菌毛的細(xì)菌稱為F 菌或雄性菌，無性菌毛的細(xì)菌稱為F -菌或雌性菌。F 菌的性菌毛與F -菌表面相應(yīng)受體結(jié)合，F(xiàn) 菌內(nèi)的質(zhì)?；蛉旧wDNA可通過中空的性菌毛進(jìn)入F -菌體內(nèi)，這一過程稱為接合，通過接合可以傳遞細(xì)菌的毒力、耐藥性等性狀。

芽孢是某些細(xì)菌在一定環(huán)境條件下，胞質(zhì)脫水濃縮，在菌體內(nèi)形成的一個圓形或橢圓形的小體。芽孢對熱、干燥、輻射、化學(xué)消毒劑等理化因素均有強(qiáng)大的抵抗力，在自然界中能存活數(shù)年甚至數(shù)十年。當(dāng)環(huán)境適宜時(shí)，芽孢又可發(fā)芽形成新的繁殖體。因此，芽孢的存在有利于細(xì)菌在惡劣環(huán)境中存活。在實(shí)際工作中，常以殺滅芽孢作為衡量消毒滅菌效果的指標(biāo)。