衣原體是一類嚴格真核細胞內(nèi)寄生，具有獨特發(fā)育周期，并能通過細菌濾器的原核細胞型微生物。其形態(tài)結(jié)構(gòu)具有一定的特點。

在形態(tài)方面，衣原體有兩種形態(tài)，分別為原體和始體（網(wǎng)狀體）。原體呈球形、橢圓形或梨形，直徑約0.2 - 0.4μm。電鏡下可見其有細胞壁，中央有致密的類核結(jié)構(gòu)，是發(fā)育成熟的衣原體，具有高度感染性。而始體（網(wǎng)狀體）呈圓形或橢圓形，直徑約0.5 - 1.0μm，較原體大，無致密核質(zhì)，而有纖細的網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)，故又稱網(wǎng)狀體，它是衣原體發(fā)育周期中的繁殖型，不具有感染性。

從結(jié)構(gòu)上看，衣原體具有細胞壁，其細胞壁的組成與革蘭陰性菌相似，由肽聚糖和外膜組成。肽聚糖可維持細胞壁的穩(wěn)定性。外膜含有脂多糖和外膜蛋白等成分，外膜蛋白在衣原體黏附、侵入宿主細胞以及逃避宿主免疫防御等過程中發(fā)揮重要作用。

衣原體的細胞質(zhì)內(nèi)含有核糖體，這是蛋白質(zhì)合成的場所，能按照遺傳信息合成衣原體生存和繁殖所需的各種蛋白質(zhì)。同時，衣原體有一個環(huán)狀雙鏈DNA的基因組，攜帶了衣原體生長、繁殖和致病等相關(guān)的遺傳信息，控制著衣原體的各種生物學(xué)特性和功能。而且，衣原體在宿主細胞內(nèi)生長繁殖時會形成包涵體，它是衣原體在細胞內(nèi)發(fā)育的不同階段的聚集體，不同種類的衣原體形成的包涵體在形態(tài)、大小和染色性等方面存在差異，可用于衣原體的鑒別診斷。