沙門氏菌屬是一大群寄生于人類和動物腸道內(nèi)、生化反應和抗原結(jié)構相似的革蘭氏陰性桿菌，依據(jù)不同的分類標準可分為不同類別。

從抗原結(jié)構分類來看，沙門氏菌屬主要依據(jù)菌體抗原（O抗原）、鞭毛抗原（H抗原）及表面抗原（Vi抗原）的不同進行區(qū)分。目前已發(fā)現(xiàn)有67種O抗原和2000多種血清型。O抗原是細菌細胞壁的組成成分，具有耐熱性，其特異性取決于多糖側(cè)鏈的組成和排列順序。不同的O抗原組合形成不同的群，目前可分為A - Z、O51 - O63、O65 - O67等42個群。H抗原存在于鞭毛上，不耐熱，分為第Ⅰ相和第Ⅱ相。第Ⅰ相特異性高，又稱特異相；第Ⅱ相特異性低，為多種沙門氏菌共有，又稱非特異相。同時具有第Ⅰ相和第Ⅱ相H抗原的細菌稱為雙相菌，僅有一相者為單相菌。Vi抗原存在于細菌表面，可阻止O抗原與相應抗體的凝集反應。

從對宿主的致病性分類，可分為三類。第一類是對人致病的，如傷寒沙門氏菌、副傷寒沙門氏菌等，這類細菌主要引起人類的傷寒、副傷寒等疾病。傷寒沙門氏菌可引發(fā)傷寒，患者會出現(xiàn)持續(xù)發(fā)熱、相對緩脈、全身中毒癥狀與消化道癥狀、玫瑰疹、肝脾腫大等臨床表現(xiàn)。第二類是對動物和人都致病的，如鼠傷寒沙門氏菌、豬霍亂沙門氏菌等。它們可引起人類和動物的食物中毒、敗血癥等。以鼠傷寒沙門氏菌為例，人感染后可出現(xiàn)發(fā)熱、腹痛、腹瀉等癥狀，嚴重時可導致脫水、休克等并發(fā)癥。第三類是對動物致病的，如雞白痢沙門氏菌、雞傷寒沙門氏菌等，主要危害家禽等動物健康，一般不感染人類。雞白痢沙門氏菌可導致雛雞發(fā)生白痢，表現(xiàn)為精神萎靡、白色下痢等癥狀，嚴重影響家禽養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展。

此外，在實際的臨床和公共衛(wèi)生監(jiān)測中，還會根據(jù)沙門氏菌的生化特性進一步分類，如發(fā)酵葡萄糖、乳糖、麥芽糖等糖類的能力，以及產(chǎn)生硫化氫、靛基質(zhì)等代謝產(chǎn)物的情況。