微生物分類是對(duì)微生物進(jìn)行系統(tǒng)整理和歸類的重要工作，根據(jù)不同的標(biāo)準(zhǔn)和方法，微生物主要有以下幾種分類方式。

從細(xì)胞結(jié)構(gòu)的角度，微生物可分為非細(xì)胞型微生物、原核細(xì)胞型微生物和真核細(xì)胞型微生物三大類。非細(xì)胞型微生物是最小的一類微生物，沒(méi)有典型的細(xì)胞結(jié)構(gòu)，缺乏產(chǎn)生能量的酶系統(tǒng)，只能在活細(xì)胞內(nèi)生長(zhǎng)增殖，如病毒，其核酸類型為DNA或RNA，且僅含一種類型。原核細(xì)胞型微生物具備原始的細(xì)胞核，無(wú)核膜和核仁，細(xì)胞器不完善，包括細(xì)菌、支原體、衣原體、立克次體、螺旋體和放線菌等。細(xì)菌是其中最常見(jiàn)的，具有細(xì)胞壁，以二分裂方式繁殖。支原體是沒(méi)有細(xì)胞壁的原核細(xì)胞型微生物，呈高度多形性。衣原體有獨(dú)特的發(fā)育周期，可引起多種疾病。立克次體大多為人畜共患病原體。螺旋體具有螺旋狀的外形。放線菌可產(chǎn)生抗生素等多種生物活性物質(zhì)。真核細(xì)胞型微生物有核膜、核仁和染色體，細(xì)胞器完整，如真菌，包括酵母菌、霉菌等，真菌在自然界分布廣泛，有些可引起人類疾病，有些則在食品、醫(yī)藥等領(lǐng)域有重要應(yīng)用。

按照微生物的生存環(huán)境和營(yíng)養(yǎng)方式，可分為光能自養(yǎng)型微生物，它們能利用光能將二氧化碳和水轉(zhuǎn)化為有機(jī)物，如藍(lán)細(xì)菌；光能異養(yǎng)型微生物，這類微生物以光能為能源，但需要以有機(jī)物作為碳源；化能自養(yǎng)型微生物，通過(guò)氧化無(wú)機(jī)物獲得能量，以二氧化碳為碳源，如硝化細(xì)菌；化能異養(yǎng)型微生物則利用有機(jī)物作為碳源和能源，大多數(shù)細(xì)菌和真菌都屬于此類。

此外，還可以根據(jù)微生物對(duì)氧氣的需求情況，分為專性需氧菌，必須在有氧環(huán)境中才能生長(zhǎng)；微需氧菌，在低氧分壓下生長(zhǎng)良好；兼性厭氧菌，在有氧和無(wú)氧環(huán)境中都能生長(zhǎng)；專性厭氧菌，只能在無(wú)氧環(huán)境中生長(zhǎng)，因?yàn)橛醒醐h(huán)境會(huì)產(chǎn)生對(duì)其有毒害作用的物質(zhì)。