志賀菌屬和沙門菌屬都是腸道致病菌，在臨床和微生物學檢驗中對二者進行鑒別十分重要，以下從多個方面闡述它們的鑒別要點。

首先是生物學特性。形態(tài)上，二者均為革蘭陰性桿菌，但志賀菌無鞭毛，不能運動，而沙門菌絕大多數(shù)有鞭毛，能運動，這是一個重要的鑒別點。培養(yǎng)特性方面，志賀菌在普通瓊脂平板上形成中等大小、半透明的光滑型菌落，而沙門菌在腸道選擇培養(yǎng)基上形成無色透明或半透明菌落，且在SS培養(yǎng)基上部分菌株可產(chǎn)生硫化氫，使菌落中心呈黑色。

生化反應差異明顯。志賀菌分解葡萄糖產(chǎn)酸不產(chǎn)氣，不分解乳糖（宋內(nèi)志賀菌遲緩發(fā)酵乳糖），VP試驗陰性，不產(chǎn)生硫化氫，不利用枸櫞酸鹽。沙門菌能分解葡萄糖產(chǎn)酸產(chǎn)氣（傷寒沙門菌產(chǎn)酸不產(chǎn)氣），多數(shù)菌株能分解乳糖，VP試驗陰性，大多產(chǎn)生硫化氫，能利用枸櫞酸鹽。

抗原結(jié)構(gòu)不同。志賀菌有O抗原和K抗原，無H抗原，O抗原是分類的依據(jù)，可分為4群40多個血清型。沙門菌具有復雜的抗原結(jié)構(gòu)，主要有O抗原、H抗原和Vi抗原，根據(jù)O抗原和H抗原的不同可分類和分型。

致病性也有區(qū)別。志賀菌主要引起細菌性痢疾，包括急性菌痢、慢性菌痢和中毒性菌痢，其致病物質(zhì)主要是侵襲力和內(nèi)毒素，部分菌株能產(chǎn)生外毒素。沙門菌可引起腸熱癥（傷寒、副傷寒）、食物中毒、敗血癥等多種疾病，致病物質(zhì)包括侵襲力、內(nèi)毒素和腸毒素。

微生物學檢查中，標本采集有差異。志賀菌主要采集膿血便或黏液便，而沙門菌在不同疾病階段采集不同標本，如腸熱癥第1周取血液，第2周起取糞便和尿液。血清學診斷方法也不同，志賀菌一般不做血清學診斷，而沙門菌常用肥達試驗輔助診斷腸熱癥。