腸球菌與奈瑟菌在多個方面存在明顯差異。

首先，從生物學特性來看，腸球菌為革蘭陽性球菌，呈單個、成對或短鏈狀排列，無芽孢、無鞭毛。它是兼性厭氧菌，能在較為寬泛的溫度范圍（10 - 45℃）生長，耐鹽，可在6.5% NaCl肉湯中生長。而奈瑟菌是革蘭陰性雙球菌，兩菌接觸面平坦或略向內(nèi)陷，形似咖啡豆。它是專性需氧菌，對營養(yǎng)要求較高，需要在含有血液、血清等培養(yǎng)基上才能良好生長，且最適生長溫度為35 - 37℃。

其次，在致病性方面，腸球菌是人體腸道的正常菌群之一，但在一定條件下可成為條件致病菌，主要引起尿路感染、腹腔感染、敗血癥等，尤其在免疫力低下人群中易引發(fā)嚴重感染。而奈瑟菌屬中的淋病奈瑟菌是淋病的病原菌，主要通過性接觸傳播，引起泌尿生殖系統(tǒng)化膿性感染；腦膜炎奈瑟菌則主要引起流行性腦脊髓膜炎，可通過呼吸道飛沫傳播，嚴重威脅人類健康。

再者，從微生物學檢查方法上，腸球菌的鑒定可通過觸酶試驗陰性、膽汁七葉苷試驗陽性等特征進行初步判斷，還可進一步通過生化反應和分子生物學方法確診。奈瑟菌的檢查，對于淋病奈瑟菌，可采取泌尿生殖道膿性分泌物涂片，鏡檢發(fā)現(xiàn)革蘭陰性雙球菌有診斷價值，同時可進行分離培養(yǎng)和生化鑒定；腦膜炎奈瑟菌可采集腦脊液、血液等標本，涂片染色鏡檢，分離培養(yǎng)時需注意保溫保濕，采用巧克力色血瓊脂平板，通過生化反應和血清學試驗進行鑒定。

最后，在治療方面，腸球菌對多種抗生素天然耐藥，治療較為困難，常需聯(lián)合使用抗生素，如青霉素類與氨基糖苷類聯(lián)合。奈瑟菌中，淋病奈瑟菌近年來耐藥情況也日益嚴重，治療需根據(jù)藥敏試驗選擇合適的抗生素，如頭孢曲松等；腦膜炎奈瑟菌感染可選用青霉素等敏感抗生素進行治療。