蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)是指整條多肽鏈中全部氨基酸殘基的相對(duì)空間位置，也就是整條多肽鏈所有原子在三維空間的排布位置，具有以下特點(diǎn)：

從作用力角度來(lái)看，維持蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)的作用力主要是次級(jí)鍵，包括氫鍵、離子鍵（鹽鍵）、疏水鍵和范德華力等，其中疏水鍵在維持三級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性上起著最為重要的作用。這些非共價(jià)鍵使得蛋白質(zhì)能夠折疊成特定的空間結(jié)構(gòu)。此外，在某些蛋白質(zhì)中還存在二硫鍵，它可以進(jìn)一步穩(wěn)定蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)。

從結(jié)構(gòu)層次角度來(lái)說(shuō)，它是在二級(jí)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上進(jìn)一步盤(pán)繞、折疊形成的。蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)如α -螺旋、β -折疊、β -轉(zhuǎn)角和無(wú)規(guī)卷曲等元件相互組合，通過(guò)不同的方式進(jìn)一步折疊，形成了更為復(fù)雜的三維結(jié)構(gòu)。

從結(jié)構(gòu)表現(xiàn)角度，蛋白質(zhì)具有明顯的結(jié)構(gòu)域。結(jié)構(gòu)域是在較大的球狀蛋白質(zhì)分子中，多肽鏈的二級(jí)結(jié)構(gòu)和超二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)一步聚集和折疊形成的相對(duì)獨(dú)立的緊密球狀實(shí)體。結(jié)構(gòu)域是蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)的獨(dú)立折疊單位，不同的結(jié)構(gòu)域可以具有不同的功能，如結(jié)合配體、催化反應(yīng)等。

從表面特征角度，蛋白質(zhì)表面具有特定的氨基酸分布。在水溶性球狀蛋白質(zhì)中，極性氨基酸殘基通常位于分子表面，與周圍的水分子相互作用，使蛋白質(zhì)具有良好的水溶性；而非極性氨基酸殘基則大多埋藏在分子內(nèi)部，形成疏水核心，有利于維持蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性。

從功能角度，蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)與其功能密切相關(guān)。特定的三級(jí)結(jié)構(gòu)賦予了蛋白質(zhì)特定的功能，一旦蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)被破壞，其功能也會(huì)隨之喪失。例如，酶的活性中心通常是由三級(jí)結(jié)構(gòu)形成的特定區(qū)域，只有在正確的三級(jí)結(jié)構(gòu)下，酶才能與底物特異性結(jié)合并發(fā)揮催化作用。