在生物氧化過(guò)程中，ATP（三磷酸腺苷）主要通過(guò)兩種方式產(chǎn)生：底物水平磷酸化和氧化磷酸化。
1. 底物水平磷酸化：這種方式發(fā)生在糖酵解、檸檬酸循環(huán)等代謝途徑中。當(dāng)高能磷酸化合物如1,3-二磷酸甘油酸或磷酸烯醇式丙酮酸在酶的作用下將一個(gè)磷酸基團(tuán)轉(zhuǎn)移到ADP（二磷酸腺苷）上形成ATP時(shí)，就發(fā)生了底物水平磷酸化。
2. 氧化磷酸化：這是細(xì)胞內(nèi)生成ATP的主要方式。它發(fā)生在細(xì)胞的線粒體內(nèi)膜上。首先，在電子傳遞鏈中，NADH和FADH2作為電子供體將電子傳遞給一系列載體分子，最終將電子傳遞給氧氣形成水。在這個(gè)過(guò)程中，電子傳遞鏈上的復(fù)合物I、III和IV可以利用釋放出的能量泵送質(zhì)子從線粒體內(nèi)膜的基質(zhì)側(cè)到外側(cè)，從而在內(nèi)膜兩側(cè)建立起一個(gè)電化學(xué)梯度（即質(zhì)子動(dòng)力）。接下來(lái)，在ATP合酶的作用下，這個(gè)質(zhì)子動(dòng)力被用來(lái)驅(qū)動(dòng)ADP與無(wú)機(jī)磷酸結(jié)合生成ATP。

通過(guò)這兩種機(jī)制，生物體可以在代謝過(guò)程中有效地產(chǎn)生和利用能量。