醌類化合物是分子中具有不飽和環(huán)二酮結構（醌式結構）或容易轉(zhuǎn)變?yōu)檫@樣結構的天然有機化合物。根據(jù)其母核結構可分為苯醌、萘醌、菲醌和蒽醌四種類型。

苯醌類可分為鄰苯醌和對苯醌兩類。鄰苯醌結構不穩(wěn)定，故天然存在的苯醌類多為對苯醌的衍生物。對苯醌母核上的兩個羰基之間一般有兩個雙鍵，且常連有不同的基團，如甲基、甲氧基等。例如信筒子醌，它是從信筒子中分離得到的對苯醌類化合物，具有驅(qū)絳蟲作用。

萘醌類化合物分為α -（1,4）、β -（1,2）及amphi -（2,6）三種類型。自然界中α - 萘醌類較為多見。如紫草素及其衍生物，存在于紫草科植物中，具有止血、抗炎、抗菌、抗病毒及抗癌等作用。其分子中含有萘醌母核，側鏈上有不同的取代基，這些取代基的差異也會導致其生物活性有所不同。

菲醌類可分為鄰菲醌和對菲醌。丹參中含有的丹參醌類成分就屬于鄰菲醌類。丹參醌ⅡA、丹參醌ⅡB等具有抗菌及擴張冠狀動脈的作用，是丹參治療冠心病的有效成分。對菲醌在自然界中相對較少見。

蒽醌類是醌類化合物中最重要的一類，根據(jù)其還原程度的不同，可分為蒽醌衍生物、蒽酚或蒽酮衍生物及二蒽酮類衍生物。蒽醌衍生物又可分為大黃素型和茜草素型。大黃素型蒽醌的羥基分布在兩側的苯環(huán)上，如大黃中的大黃酸、大黃素等，具有瀉下作用。茜草素型蒽醌的羥基分布在一側的苯環(huán)上，如茜草中的茜草素，具有涼血止血、活血化瘀等功效。蒽酚或蒽酮衍生物是蒽醌在一定條件下被還原的產(chǎn)物，二蒽酮類衍生物則是由兩分子蒽酮脫去一分子氫后通過碳 - 碳鍵結合而成，如番瀉苷類，具有較強的瀉下作用。